地球連合、ザフトは多大な犠牲を双方に出した第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の後、ユニウスセブン跡において停戦条約を締結。しかし、ナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。
C.E.73.10。オーブの代表首長となっていたカガリ・ユラ・アスハはアスラン・ザラ（公には別名アレックス・ディノを名乗っている）を伴ってL4に新設されたザフトのプラント、アーモリーワンを訪れていた。再び燻り始めた両陣営での不穏な動きを懸念し、最高評議会議長ギルバート・デュランダルと極秘会談の場を持つためであった。
その時、突如鳴り響く警報！
新造艦ミネルバの進水式を狙った謎のグループが破壊活動を起こしたのだ。さらに彼らは混乱に乗じ、ロールアウト直前の新型MS、ガンダムを強奪する。
再び起こってしまった戦いを前に戸惑うカガリ。爆煙の中アスランは彼女を守るため手近のMSザクウォーリアに乗り込み、奪われたカオスガンダム、ガイアガンダム、アビスガンダム、3機のガンダムを相手にする。しかし複数の上、スペックで上回る敵に窮地に立たされてしまう！
絶体絶命のその瞬間、双方の間に割って入ったもう一機の新型MS。
その機体こそシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。