シンの活躍によってミネルバは絶体絶命の危機を脱し、カーペンタリアへ進路を取った。
一方、物思いに沈むカガリの前に現れたユウナは、彼女へ結婚を迫っていた。この不安定な情勢下であればこそ、二人の結婚は国を結集するのに役立つだろうし、コーディネイターであるアスランやキラは、今や国の母となる彼女とは住む世界が違うのだ…。ユウナの言葉に、カガリは思い悩む。
その頃、キラたちも決断の時を迎えようとしていた。オーブと大西洋連邦との同盟が締結されれば、コーディネイターであるキラたちはオーブに留まれなくなるのだ。
その夜キラの家を、コーディネイターの特殊部隊が強襲した。彼らの目的は、ラクスを暗殺すること――キラらは地下のシェルターへと避難するが、特殊戦使用MSアッシュの火力が、ついにシェルターの外壁を破壊する。
なだれ込む、アッシュの部隊…その時、突如現れた白い機体が、アッシュの部隊を瞬く間に一掃した――。
ようやく昇り始めた日の光を浴びながら、封印から解き放たれたフリーダムガンダムが姿を現す。搭乗するキラの瞳には、強い決意の光が宿っていた。