突如、アーモリーワンで起こった謎のグループによるガンダム強奪。
ザフトの新議長デュランダルとの会談に臨んでいたオーブ代表首長カガリは随伴していたアスランと共にこの奇禍に見舞われた。
カガリを守るため、緊急避難的にザクウォ－リアに乗り込んだアスランであったが、奪われた3機のガンダムとの戦闘により窮地に陥ってしまう。そのあわやの場面に割って入ったのがシンの搭乗するインパルスであった。
激突するカオス、アビス、ガイア対インパルス！
同じ頃、アーモリーワンの外では強奪グループを送り込んだ特殊部隊の母艦ガーティ・ルーが司令官ネオ・ロアノークの指揮のもと行動を開始。電撃的にザフト護衛艦隊を撃沈、さらに港湾部を破壊してしまう。
この動きに呼応するかのように強奪グループのスティング・オークレー、アウル・ニーダ、ステラ・ルーシェは撤退を始める。プラント壁面を打ち抜き脱出を試みる3機に対して追いすがるインパルスとレイ・ザ・バレルのブレイズザクファントムであったが、宇宙ではネオのMAエグザスが待ち受けていた。
この不測の事態に対しザフト新造艦ミネルバ艦長のタリア・グラディスは艦の発進を決意した！