ミネルバは、クレタ沖でオーブと地球連合の同盟軍と再度交戦する。地理的に不利な状況に追い込まれ苦戦するミネルバだが、アスランとシンはアビス、カオスに邪魔され、援護できない。その時、再び現れたキラのフリーダムとアークエンジェルが、ミネルバの窮地を救う。カガリはルージュを駆り、またもオーブ軍へ停戦を命じる。
が、度重なるアークエンジェルの介入に怒ったシンは、いきなりルージュを攻撃。危うくカガリを救ったキラは、シンへと襲い掛かる。止めようとするアスランだが、カオスとアビスに割り込まれ、混戦状態に。SEEDの弾けたシンはアビスを仕留め、カオスの戦闘力を奪ったキラはアスランと激突。
一方、ネオに叱責されたユウナは、トダカらにミネルバの追撃を命令。その頃ミネルバでは、タリアがアークエンジェルを敵艦と見なすよう指示を出していた。
ミネルバへ迫る、オーブのMS部隊。その行く手を遮るカガリだが、すでに死ぬ覚悟を決めた彼らは説得に応じようとしない。彼らが次々と迎撃されていく様を、カガリは歯噛みしながら見守るしかない。
その光景を見たオーブ軍のトダカは、ユウナと部下を退艦させると、旗艦を前線へと向かわせた。セイバーを撃墜したキラは旗艦を救おうとするが、時すでに遅し。鬼神の如き形相で敵を屠り続けていたシンは、目の前に現れた旗艦を躊躇なく両断する。そこに、かつての恩人が乗っていたとも知らずに…。