アークエンジェルには、先の戦闘で生き残ったオーブの有志たちが合流を果たしていた。トダカの今際の言葉をカガリに伝え、この船で改めてオーブの理念のために戦いたいというアマギらを、キラたちは温かく迎える。
一方激戦を終えたミネルバは、ジブラルタルを目前にしながら、修理と補給のために足止めされていた。キラに一喝された上にセイバーも大破し、アスランは塞ぎ込む。が、ステラに何もしてやれないことに苛立つシンは、そんな彼に冷たく当たるのだった。
そんな中、シンは偶然タリアと軍医の会話を聞いてしまい、愕然とする。このままではステラは助からないし、仮に助かったとしても本国に引き渡され、実験体扱いにされてしまうというのだ。ステラを救うには、ネオのいる地球軍へ返すしかない…。レイの協力を得て彼女を連れ出したシンは、ガイアの識別コードを利用して地球軍と連絡を取り、ネオを呼び出す。
夜明けの海岸で、対峙するシンとネオ。シンは、ステラを二度と戦場に近づけないと約束しろと要求し、ネオにステラを預ける。彼女へ貝殻の入った小瓶を手渡し、俺を忘れないでと言い残して、シンは立ち去った。あふれ出る涙を拭いながら…。