ステラを逃がしたことで、銃殺刑レベルの軍規違反を犯したシンは、レイと共にミネルバの営倉に拘束された。が、シンは自分の行動を正しいと頑なに信じ、タリアやアスランの言葉にも耳を貸そうとはしない。
アークエンジェルでは、カガリと元オーブ軍兵たちが、決意を新たにしていた。が、キラはラクスとアスランのことを思い、一人苦悩する。沈み込む彼に、マリューは優しく声を掛け励ますのだった。
一方、ネオはミネルバ追撃の任を解かれ、新たな命令を受けてロシアへ向かった。ネオは、シンとの約束を守れないことを不甲斐なく思いながらも、回復したステラに巨大な可変MS、デストロイガンダムを与え、新たな戦場へと誘う。
その頃ミネルバでは、シンたちの処分が通達されていた。結果は、一切不問…。銃殺刑だけは避けたいと考えていたタリアであったが、この裁定にデュランダルが裏から手を回していたことに気付くと、憤慨。釈放されたシンは増長し、アスランに対してもこれまで以上に不遜な態度を取り始めていた。
デストロイを先鋒に、ユーラシア西側への侵攻を開始する地球軍。その報を受け、ミネルバとアークエンジェルも行動を開始する。