シンの猛攻によってフリーダムは大破したが、キラはカガリによってひとまず無事に救い出された。アークエンジェルも、深刻なダメージを負いながらも何とか逃げおおせ、オーブへと向かった。フリーダムを仕留めて帰艦したシンを、ミネルバのクルーたちは絶賛。が、シンの放った「仇は取りましたよ。あなたのもね。」という言葉にアスランは逆上し、つかみ合いとなってしまう。二人を引き離したレイは、キラやアークエンジェルに対するアスランの思いを個人的な感傷と断じ、軍人である以上本国の命令は絶対だと主張する。その言葉の正しさに、アスランは引き下がるしかない。
一方、戦争を否定するデュランダルの言葉に感銘を受けた人々が各地でゲリラ行為を開始し、追い詰められたジブリールらは地球連合軍の本拠地、ヘブンズベースへと逃げ延びていた。それを討つべく、ザフトはジブラルタルへ集結を開始。その中には、ミネルバも含まれていた。ジブラルタルへ降り立ったデュランダルは、アスランとシンを呼び出すと、最新鋭のMSデスティニーガンダムとレジェンドガンダムを与える。目を輝かせて喜ぶシン…対してアスランは、デュランダルへ疑いの眼差しを向ける。