ヘブンズベースは、ザフトによって完全に制圧された。が、ジブリールの行方は未だに不明のまま。デュランダルは、その足取りを追うよう軍に命じる。その頃オーブのオノゴロ島では、傷ついたアークエンジェルがドックに入っていた。クルーたちが修理に追われる中、フリーダムという力を失い、一人焦るキラ。マリューは、 そんなキラに優しく声を掛け、励ます。ようやく意識を取り戻したアスランも、久しぶりにカガリと言葉を交わしていた。
一方、ラクスの指示を受けたマーチン・ダコスタは、かつて遺伝子研究所のあったコロニー、メンデルの中を調査していた。全てのデータが廃棄された中、唯一残されていたノート…その中に「デスティニープラン」なる記述を目にしたラクスは、思わず息をのむ。と、その時エターナルの艦内警報が！　ザフトに発見されてしまったラクスたちは、証拠のノートとあるモノをキラたちへ届けるため、決死の強行突破を試みる。エターナルのピンチを知ったキラは、ルージュに急遽ブースターを取り付けると、単身宇宙へ。間一髪救われたラクスは、キラへ新たな力ストライクフリーダムガンダムを手渡すのだった。