アークエンジェルはエターナルと合流し、レクイエムの要とも言えるステーションワンを破壊すべく出撃。ザフト月艦隊の約大多数がそれを迎え撃つべく動き出すが、ラクスはレクイエムを「無用な大量破壊兵器」と断言し、堂々とその破壊を宣言。彼女の言葉の正しさと毅然とした態度に、ザフト兵の足並みは乱れる。その頃シンとレイは、デスティニーとレジェンドを駆って機動要塞メサイアへ向かっていた。二人と対面したデュランダルは、ラクスたちの行動を平和への道を閉ざす行為だと責める。その言葉に同調するレイに違和感を覚えながらも、シンは迷いを振り払い、ラクスらと戦う決意を固めていた。憎しみの連鎖を断ち切るために。
戦場に駆けつけたミネルバは、長きに渡る因縁に決着を付けるべくアークエンジェルと激突。一方キラとアスランは、イザークとディアッカの助力を得て、ついにステーションワンの破壊に成功する。そのままダイダロス基地を攻撃中のオーブ主力隊と合流しようとする、キラたち。が、その目前に突如姿を現したメサイアは、ネオジェネシスの一撃で主力隊を殲滅してしまう。前方からデスティニーとレジェンド、後方からはミネルバが迫り来る最悪の状況に、キラたちは活路を開くべく戦う。