アスランはアークエンジェルの加勢に回ると、ミネルバをも撃退した。半壊したデスティニーは月面へ墜ち、航行不能となったミネルバも月への不時着を余儀なくされる。意識を取り戻したシンは子供のように泣き始め、そんな彼をルナマリアは優しく抱きしめるのだった。
同じ頃、クルーゼを名乗りながらキラに肉薄したレイも、隙を突かれて敗北していた。デスティニーとレジェンドを失ったデュランダルは、レクイエム上空をネオジェネシスで味方ごと一掃し、間髪入れずレクイエムを起動させる…が、ネオとアスランの活躍によってレクイエムは火柱を上げ、最悪の事態は未然に防がれた。ミーティアを装備したストライクフリーダムが、ついにメサイアのシールドシステムを破壊。続く一斉攻撃によって、ようやくメサイアは沈黙する。駆けつけたタリアが見守る中、半壊した司令室で、銃を手に対峙するデュランダルとキラ。そして、密かにキラを狙撃しようとするレイ…。が、キラの言葉に胸打たれたレイは、反射的にデュランダルを撃ってしまう。瀕死のデュランダルに駆け寄ったタリアは、キラに脱出するよう告げると、レイを傍らに呼び寄せた。親子のように身を寄せ合う3人と共に、燃え尽き消滅するメサイア――。その光を見つめながら、生き延びた者たちは混迷の未来へと思いを馳せる。