ザフトと連合の開戦から11ヵ月余りが過ぎた。
L3に浮かぶ中立国オーブの資源衛星ヘリオポリス。そこの工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトは、いつものようにゼミを訪れ、そこでコロニーに侵入したザフトによるガンダム奪取作戦に遭遇する。
工場各所で起こる爆発と、コロニー内に侵入してくるジンにより混乱に陥るヘリオポリス。奇襲は成功し、秘密裏に建造されていた連合初のMSガンダムは5機のうち3機までがザフトの手に落ちた。
避難場所を探していたキラは、逃げ遅れた一人の少女を追って工場区画に迷い込み、そこで偶然に残る2機のガンダムを目撃する。なぜか、それを見て絶叫する少女。キラは何とか彼女を避難させるが、キラ自身の行く場がない。
居合わせていた連合士官マリュー・ラミアスは、彼を残されていたストライクガンダムの中へ案内しようとする。が、そこにザフト兵の襲撃が！　…それはかつてのキラの親友、アスラン・ザラだったのだ。