大気圏突入時のデュエルとの戦闘で、ストライクを救うためにアークエンジェルは本来の軌道を大きく外れ、ザフト勢力圏であるアフリカに降下してしまった。
救助されたキラではあったが、受けたダメージは大きく、高熱に倒れてしまう。そのキラを献身的に看病したのは、意外にもフレイであった。間もなくコーディネイターである彼は、驚異的な快復を見せ始めた。
しかし、フレイが持ち込んだ小さな折り紙を見た時、キラは恐慌状態に陥ってしまう。それはシャトルで脱出し、キラの眼前で命を落とした少女が、彼に贈ったものだったのだ。狂乱するキラを、慈母のごとく優しく慰めるフレイ。傷ついた二人の距離が縮まる。だが、彼女には別の思惑があった。キラは戦って、戦って、そして死ぬ…と呟くフレイ。彼女の心の奥底にあったのは、キラへの思慕ではなく、復讐の暗い炎だったのだ。
一方、砂漠に降下したアークエンジェルを見つめるゲリラの一団があった。その中にいる一人の少女カガリ・ユラ・アスハ…それはかつて、キラがヘリオポリスの戦火の中で出会った、あの少女だったのだ…。