巻き上がる炎の中、アスランは残されたイージスガンダムを奪取し、脱出する。キラとマリューもストライクに乗り込んだ。吹き飛ぶ工場から、辛くも脱出するストライク。しかしそこにはザフトのジンが待ち受けていた！　負傷したうえ、パイロットですらないマリューに、ガンダムを操る事はできない。絶体絶命のピンチに陥った時、キラが操縦を代わった。凄まじい速さでガンダムのOSを修正するキラ。潜在能力を解放されたストライクは、圧倒的な力でジンを撃破した。難を逃れたキラと友人たちだが、軍の機密を知ったとして、彼らはマリューに拘束される。反発するも従わざるを得ない。
同じ頃、ジンの破壊を受けラウ・ル・クルーゼも行動を起こす。それを察知したムウ・ラ・フラガもヘリオポリスへ。戦場で出会った2機は交戦しながら、コロニー内部に突入した。
一方、爆破された鉱山区に閉じ込められたナタル・バジルールたちは、残された数人とアークエンジェルを起動させる。不気味な鳴動を始めたヘリオポリス。その中で、クルーゼの操るシグーとストライクの戦いが始まった。百戦錬磨のクルーゼに翻弄されるキラ。ムウも援護をするが形勢は変わらない。あわや、というその時、岩壁を突き破りアークエンジェルがその威容を現した！