3人の転属命令で、アークエンジェルを支えてきたクルーに動揺が走る。追討ちをかけるように、アークエンジェルの所属が第8艦隊から、アラスカ本部の守備隊に移行する、という命令が下された。なぜ宇宙艦が地上に配備されるのか…不審がるクルーたち。
一方、ザフトは衛星軌道上、地上基地、海中を行く潜水艦などが、ぞくぞく集結を完了しつつあった。最高評議会議長のパトリックは、戦争の早期終結のためオペレーション・スピットブレイクをついに発動させる。そしてこの作戦の真の目標が、当初予定されていたパナマではなくアラスカの地球軍本部であると示されたのだ。
ところが、迎え撃つアラスカ中枢部はもぬけの殻と化していた。転属命令を無視し戻ろうとしたムウは、この無人基地に潜入していたクルーゼと遭遇、激しい銃撃戦となる。だがクルーゼは一方的に逃走。偶然に出くわしたフレイを捕虜に取って、基地を脱出した。
クライン邸で療養を続けてきたキラは、アラスカの仲間を守るため、そして戦う意味を見出すため、地球へ戻ることを決意する。ラクスはそんな彼にあるものを渡す。それは「新たなる剣」ザフトが開発した最新鋭のMS、フリーダムガンダムだった！