アラスカでは、アークエンジェルがザフトと激戦を繰り広げていた。怒涛のごとく迫り来るMS部隊。主力軍をパナマ防衛に向けていた連合軍は、当然のごとく苦戦を強いられる。その頃、軍上層部の作戦により、意図的にアラスカ基地が放棄されたことを知ったムウは、辛うじて無事だった戦闘機に乗り込みアークエンジェルに向かう。戦いは圧倒的にザフトが優位に進んだ。
アークエンジェルに着艦したムウは、マリューにアラスカ放棄の真相を告げた。守備軍を囮にしてザフトを招き入れ、基地深くに設置された超兵器サイクロプスで敵味方もろとも殲滅する作戦なのだ、と。驚愕するマリューは、悩みながらも戦線離脱を決意。だが周囲をザフトに囲まれ、脱出の機会を失っていた。ジンに行く手を塞がれ、万事休すのアークエンジェル。だがその眼前に、見たことのないガンダムが翼を広げ、立っていた…キラの乗るフリーダムが到着したのだ。
キラは敵味方、両軍に戦闘海域からの離脱を呼びかける。そして間もなく、きらめく閃光、大音響と共に、アラスカ基地は灼熱の大火球に呑み込まれ、消滅した…。