オペレーション・スピットブレイク失敗の報に、混乱するザフト国防委員会。時を同じくして、ザフトが極秘開発した最新鋭MSフリーダムが奪われたことを知ったパトリックは、その奪取作戦にラクスが荷担していたことを、本国に呼び寄せたアスランに告げる。ラクスは国家反逆罪で指名手配中であり、二人の婚約も破談になったことを知り、愕然とするアスラン。苛立ちを隠せないパトリックは、ラクスらフリーダムの奪還とそれに関わった人物すべての排除に当たるよう、命令を下すのだった。
一方、サイクロプスを発動したアラスカでは、アークエンジェルの危機を救ったキラがクルーたちと再会を果たし、喜び合う。しかし、キラの心はラクスとの再会から、この戦争での戦う意味を見出そうとしていた。
同じ頃ハロに導かれるように、廃墟の劇場でラクスと再会したアスランは、そこでキラの生存を知らされる。驚愕の彼に、「あなたは何と戦うのか」と謎めいた問いかけを残し、ラクスは去った。
アスランは受領したジャスティスガンダムを駆り、再び地球へ戻る。キラと再び、相まみえるために…。