満身創痍のアークエンジェルは、自爆したアラスカ基地から辛くも脱出。その傷ついた船体を修理するため、オーブに進路を向けオノゴロ島に到着した。キラが生きている姿を確認したカガリは、目に涙を溜めながら、思わず彼に飛びつく。そして彼女は、アスランとのことをキラに語るのだった。
だが、そんなオーブにも危機が訪れようとしていた。アラスカを失った地球連合軍は、この戦争の最終局面に備える一方、オーブに中立国という立場を許さず、地球連合への強制的な協力を求めて圧力をかけてきたのだ。
一方その頃、地球連合軍に残された最後のマスドライバーを落とすために、夜明けと共にパナマの大地を、ザフトのMS部隊が埋め尽くした。アラスカの弔い合戦と息巻くザフトの兵士たち。そんな彼らに地球連合軍は、量産型MSストライクダガーの大量投入で対抗、戦局は地球軍有利に推移する。だがここで、ザフトは電子兵器を無力化する新兵器グングニールを投入。一瞬にして地球軍の兵器は機能停止に陥った。復讐に燃えるザフトは条約を無視し、投降する兵士たちに発砲する。それはもう戦争ではなく、一方的な虐殺だった…。