地球連合軍の最新鋭のガンダム3機と交戦するキラとフリーダム。そんなキラの前に現れたのが、アスランの乗るジャスティスだった。敵か味方か判らぬMSの登場に、戦場に緊張が走る。だが、彼はザフトとしてではなく、自らの意思でキラを援護し始めたのだ。そしてフリーダムとジャスティスは、初めてとは思えぬ絶妙なコンビネーションで3機を圧倒していく。パイロットの薬が切れ、不意に退却する連合のガンダム3機。
しかし、その頃オノゴロ島近海では、地球連合軍が大攻勢を開始、すさまじい数のストライクダガーを繰り出し、オーブを追い詰めていた。キラ、アスランの奮戦で辛くも連合軍を退けるが、オーブ軍は壊滅寸前の損害を受ける。
帰還したキラとアスランを、涙ながらに迎えるカガリ。再会を果たした二人の間には、ようやく素直に話し合える時がやってきた。そして仲間のために戦う、という決意を聞いたアスランは、自らも道を選択せねばならない思いに捕らわれていた…。