アークエンジェルを討つため、戦闘を仕掛けるドミニオン。3機のガンダムは、キラとアスランの息の合った連携攻撃により押されていく。さらにクサナギが参戦可能になったことを知ったナタルは、戦況不利と判断し戦線からの一時撤退を決意。アークエンジェルは、辛くも危機を脱出した。
一方、コロニー内にザフトが侵入したことを察知したムウとディアッカは、その迎撃に向かう。新型MSゲイツを駆り現れるクルーゼと、ムウとの因縁の対決が始まる。その戦闘の最中、対峙するバスターを見つけ困惑するイザーク。しかし、搭乗するのがディアッカとは知らないイザークの、怒りに燃えた攻撃はやむことを知らない。シャフトの周囲を飛び回り、懸命に攻撃をかわすバスター。デュエルを討つことができないディアッカは、ついにイザークへ呼びかけた。その声に動きを止めるイザークのデュエル。MSを降り、対峙する二人に緊張が走る。
その頃、ムウとの死闘の末、援護に駆けつけたフリーダムにゲイツを撃破されたクルーゼは、脱出して一つの建物に導かれるように消えていく。クルーゼを追い、その建物へと向かうキラとムウ…その建物の中で、衝撃の事実が明らかになる！