フレイのもたらした1枚のディスクにより、地球連合はニュートロンジャマーキャンセラーの技術を手中にした。アズラエルの主張に踊らされ、核ミサイルは宇宙へ。連合による大攻勢を予想したザフトは絶対防衛ライン、ヤキン・ドゥーエとボアズに戦力を集結させる。
そして…ついに決戦の火ぶたは切って落とされた。
ザフトのボアズへ、ピースメーカー隊…核を搭載したメビウス部隊が突入する。次の刹那、閃光が吹きあがる。再び使用された核の炎は、一瞬にして要塞を壊滅させた。崩れ行くボアズを前に、自分が果たしたことを知って無限の悔恨にとらわれるフレイ。「戦争を終わらせるため」というクルーゼの言葉は、虐殺と同じ意味だったのだ。
キラとアスランは、ピースメーカー隊の再攻撃を阻止するために出撃。プラントへ向けて放たれるミサイルを、装備したミーティアで全て撃墜する。
時を同じくして、ナチュラルへの復讐に震えるパトリックは、ついに巨大レーザー兵器ジェネシスの使用を命じる。ヤキン・ドゥーエの陰から出現したジェネシスの閃光が、ついに地球軍艦隊に向け、放たれた！