ジェネシスが放ったγ（ガンマ）線の閃光は、連合の前線艦隊を一瞬で消滅させた。ミラージュコロイドで秘匿されていたそれは、まさにザフトの切り札であった。その照準は、容易に地球へ向けることも可能なのだ。
ヒステリックに連合軍を責めるアズラエル。だが壊滅状態に陥った連合軍も、なんとか体制を立て直し、悲壮な決意でジェネシス破壊へと挑む。しかし、その前にはヤキン・ドゥーエが立ちはだかる。更にジェネシス自体はフェイズシフト装甲をも装備しているのだ。
キラたちは両者の殺戮戦を止めるため、最後の戦場へと赴く。キラとラクス、カガリとアスラン。そしてマリューとムウ。今生の別れとなるやも知れぬその時間。それぞれの思いは託された。
そして、もう1人。全ての人類を裁くと決意するクルーゼもまたプロヴィデンスガンダムと共に出撃する。最終決戦の火ぶたが切って落とされた。プラントへ殺到する連合軍、そして核を絶対に阻止せんとするキラたち。だが、すでに時は遅かった。ジェネシスからは、連合軍の月面基地へ向けて、第2射が放たれてしまったのだ！