多くの犠牲を出しても、戦いはまだ終わらない。ドミニオンを退艦したフレイは、キラへの絶ちがたい思いに引きずられるかのようにフリーダムとプロヴィデンスの死闘の場へと紛れこむ。そしてキラの眼前で、襲いかかるクルーゼの非情の刃により、その命を絶たれてしまった。守るべきものをまたも守れなかった悔恨の中に、フレイの姿を幻視するキラ。フレイの魂はようやく、その終焉の時にキラと触れ合えたのだろうか…。
一方、パトリックはジェネシスの標的を地球へと向ける。しかし、狂気ともいえる行動を目の当たりにしたザフトの中にも、その行為を静止しようとする者が現れる。そして、アスランは父の凶行を阻止すべくカガリと共にヤキン・ドゥーエに突入。しかしそこで見たものは、ジェネシスでの虐殺を止めようとした士官に射たれたパトリックの姿だった。死の間際にも、ナチュラルへの呪詛の言葉を呟き、パトリックは息絶えた。
だが、彼の死をもっても暴走は止められなかった。ヤキン・ドゥーエ自爆に連動したジェネシスは、発動を開始してしまう。アスランは単身ジェネシスへ。ジャスティスの核エンジンを暴走させ、ジェネシスもろとも破壊しようというのだ。果たして、目論見は成功。アスランは自らの命を絶とうとしたが、制止されてカガリと共に脱出した。
同じ頃、キラとクルーゼは最後の死闘の末に、相討ちとなってしまう。プラントではアイリーン・カナーバら旧クライン派により、停戦の呼びかけが行なわれ、ようやく和平への道が開けるかに思われた。無残な戦場跡に絶望をするアスラン。
その時、トリィが宇宙へと飛び出した。その先にあるのは残骸と化したフリーダムの機体、そして、キラの姿…希望は、まだある。