ロード・ジブリールの地球からの脱出にともない、プラントと地球連合軍の戦闘はその戦場を宇宙へと移し、苛烈の一途をたどっていた。
その戦争とはまるで無縁かのようなDSSDのトロヤステーションでは、それぞれの研究に没頭する技術員に囲まれ、スターゲイザーの深宇宙への旅立ちの準備が着々と進んでいた。そこへ突如としてステーションの通信システムが停止、同時にMS部隊の接近が知らされる。自律AIを持つスターゲイザーの奪取を目的とした、ファントムペインによるものであった。ストライクノワールとヴェルデバスターの圧倒的な戦闘能力はDSSD保安部隊を追い詰めていく。
迫り来る漆黒の恐怖を前に、再び純白の機体が起動の光とともに顔を上げ始める。遠い星空を見上げながらその瞳に映すものは、戦争。
星を見る者、星を見ぬ者それぞれがそれぞれの戦いのために。
そして黒と白は交差する－。