ラクスを暗殺されかけたキラたちから見れば、デュランダルやザフトは確かに疑わしい。しかし、それでもデュランダルを信じるアスランは、キラとカガリにオーブの戦争参入自体を止めさせるよう言い残すと、ミネルバへ帰還した。事情がどうあれ、ハイネの死の原因がキラにある以上、今のアスランにはキラの言う奇麗事が許せなかったのだ。
一方、シンの緊急連絡を受けたミネルバは、急遽調査中の施設へ向かっていた。失調したレイを収容後、改めて施設内を調査したシンたちは、奇妙な実験機器の数々と、研究員らしき人々や子供たちの死体を発見する。そこは、地球連合が強化人間を極秘開発していたラボだったのだ。子供たちが実験体として扱われていたのを知り、シンは怒りに震える。
その頃、ミネルバがラボを調査しているとの報告が、ネオの元へ届いていた。己の古巣の危機を知ったアウルは、恐行状態に。アウルの発した「死」という言葉をきっかけに暴走したステラは、ガイアを駆って単身ラボへと向かう。シンとアスランは、突然単独で現れたガイアを迎撃。ようやく捕えたパイロットがステラだったと知り、シンは驚愕するのだった。