ザフトのテロリストによるユニウスセブン落下事件、ブレイク・ザ・ワールドにより、地球上に降り注いだプラントの破片群。それは地球各地のあらゆる都市を壊滅させ、未曾有の悲劇を生むこととなった。
同時期、DSSDの技術開発センターの保安副部長である、エドモンド・デュクロと同技術員であるセレーネ・マクグリフもまた、被害を受け水没した市街地にて開発センターへの帰還の手段を探していた。
そこへ突然巻き起こる爆発。被災地の避難民と救援部隊は騒然となる。黒煙の先に姿を現したのは、一機の所属不明MSであった。最終実験段階となった惑星探査用MS、スターゲイザーの開発計画を推し進めるため、セレーネを見送ったエドモンド。やがて彼は、暴走し砲弾を放つ所属不明機を見据え、不敵な笑みを浮かべていた。
一方、ファントムペインの基地にて惨状を見つめるスウェン・カル・バヤンたちの姿があった。下される出撃待機命令。起動を開始する漆黒の機体。
混迷を極める地上から、星はまだ見えない―。